《中国水土保持科学》主要设有设基础研究、应用研究、开发研究、学术论坛和研究综述等栏目。

1、基础研究：刊登土壤水蚀、风蚀、重力侵蚀以及山洪泥石流侵蚀过程及其机制，土壤侵蚀模型，泥石流和滑坡灾害发生机制与时空分布规律、流域产流产沙特征，大尺度水土流失与水土保持的格局与规律，生态系统的稳定性与可持续性及其退化过程的动态监测、模拟、预警，与水土保持相关的水文、土壤、气象、植物生理等方面的研究报告，以及现代控制理论分析及跨学科的水土保持科学基础理论研究报告。

2、应用研究：刊登小流域综合治理及荒漠化防治工程技术，土壤侵蚀有关的监测、预报及信息化建设，水土保持方案、水土保持监测、水土保持监理、水土保持验收评估，退化生态系统的恢复与重建技术体系，山洪、泥石流、滑坡等灾害综合防治技术等方面的研究报告。

3、开发研究：刊登水土保持与荒漠化防治领域的创新性技术、产品、方法、材料，为适应当今信息化时代的要求，以及探讨水土保持大数据建设，云计算，智慧水土保持与荒漠化生态系统的研究报告。

4、学术论坛：旨在为水土保持与荒漠化防治学科搭建一个学术交流平台，刊登学术创新成果、名师专业点评、热点话题探讨等方面的研究报告，以及探讨就水土保持与荒漠化学科的焦点问题、争议问题的研究报告。

5、研究综述：刊登水土保持学科某一主题中国国内外研究进展、研究现状、研究内容、相关特征、以及与该主题相关研究的优缺点，取得那些研究成果，进行系统分析和梳理的研究报告 。